PROFIL DAN SEJARAH BERDIRINYA MTsN 1 BANTUL
Madrasah Tsanawiyah Negeri 1 Bantul pada awalnya merupakan Lembaga Pendidikan Islam berupa Madrasah Diniyah Salafiyah (biasa disebut dengan sekolah arab, sebab dalam proses pemeblajarannya selalu\menggunakan arab pegon) dibawah asuhan KH. Muhyidin bin KH. Nawawi yang terletak di dusun Jejeran (lebih akrab disebut Jejeran Krajan). Madrasah ini berkembang begitu pesatnya, banyak orang tua yang mempercayakan pendidikan putra putrinya pada madrasah Diniyah Salafiyah ini sehingga membutuhkan tempat pembelajaran yang lebih memadai, yang semula hanya menempati suatu musholla berkembang menempati rumah KH. R. Afif Ridlo Jalal (akrab dipanggil Romo Jalal) dan menempati rumah Romo Ahlan (kakak dari Romo Jalal).
Madrasah diniyah Salafiyah berkembang dengan pesat sehingga dilirik oleh pemerintah untuk dinegerikan, maka didirikanlah Madrasah Ibtidaiyah Negeri (MIN) yang dinamakan MIN Jejeran. Beriringan dengan berdirinya MIN ini maka didirikanlah Madrasah Tsanawiyah Agama Islam Negeri (MTsAIN) Gondowulung 250. Ini diujicobakan mulai tahun 1966. Pada tahun 1968 madrasah ini resmi dinegerikan dengan nama MTsN Gondowulung 250 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 14/1968 Tanggal 31 Januari 1968 ditandatangani oleh KH. Muhammad Dahlan. Pada tahun 1969 proses belajar mengjar menempati gedung baru yang berada di utara SMP Negeri Gondowulung (sekarang bernama SMP Negeri 1 Pleret). Pada tahun 1983 MTsN Gondowulung 250 pindah di dusun Dokaran dan menempati rumah penduduk. Pada tahun 1984 dapat membangun 3 (tiga) ruang gedung baru diatas tanah kas Desa.
Melalui Surat Keputusan Kepala Wilayah Kementerian Agama Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 68 Tahun 2017 berubah menjadi MTs Negeri 1 Bantul. Madrasah Tsanawiyah Negeri 1 Bantul ini didirikan oleh para sesepuh dan para tokoh pesantren di dusun Jejeran (sekarang dinamakan Pondok Pesantren Miftahul Ulum 1). Nama-nama tokoh pendiri MTs Negeri 1 Bantul adalah :
Dalam perjalanan dan keberadaan MTs Negeri 1 Bantul dalam melaksanakan pengabdian dibidang pendidikan telah mengalami pergantian kepemimpinan, yang secara berurutan yaitu:
Saat ini kepemimpinan dijabat oleh Sugiyono S.Pd. yang mulai bertugas sejak Januari 2024 berdasar SK Menteri Agama.