Madrasah Tsanawiyah Negeri 1 Bantul memberikan fasilitas kepada siswa untuk meningkatkan minat dan bakatnya, program ekstra yang ditawarkan antra lain :

1. Ekstrakurikuler Pramuka (ekstra wajib untuk kelas 7 dan pilihan bagi kelas 8)
2. Ekstrakurikuler Batik
3. Ekstrakurikuler Hadroh
4. Ekstrakurikuler Bola Voli
5. Ekstrakurikuler Karya Ilmiah Remaja
6. Ekstrakurikuler Seni Musik
7. Ekstrakurikuler Seni Tari
8. Ekstrakurikuler Desain Grafis
9. Ekstrakurikuler Tonti
10. Ekstrakurikuler Karate
11. Ekstrakurikuler Palang Merah Remaja
12. Ekstrakurikuler Olimpiade
13. Ekstrakurikuler Taekwondo
14. Ekstrakurikuler Qiroah